用語
- カウントデータ
- 項目ごとに数えた個数のデータ。
- 遺伝子セット
- 既知の機能や過去の研究などに基づいて定義した遺伝子の集まり。
- ノックダウン
- 特定の遺伝子産物の量を減らす操作。DNAをなくすこととは異なる。
- RNA-seq
- RNA由来の配列を読み取り、遺伝子の発現量などを調べる方法。
- エンリッチメント
- 比較の基準に対して、ある集まりが相対的に多く含まれることや、順位の片側に偏ること。
- FDR
- 発見とした結果の中に、誤った発見が含まれる割合に関する指標。
出典とデータ
- Sato Y, et al. Calcineurin-mediated dephosphorylation stabilizes E2F1 protein by suppressing binding of the FBXW7 ubiquitin ligase subunit. PNAS 121, e2414618121 (2024). 原論文（DOI） · 全文・図5
- GSEA User Guide
- DRA011729 — 原論文で参照されるRNA-seqデータ。
- Illumina：RNA sequencingの方法とワークフロー
教材データについて
「RNA-seqとは」のページで使う遺伝子48件は人工データです。論文の実測データやMSigDBのセットは使用していません。論文図はリンク先で参照できます。