解析結果を読み込んでいます。
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Satoらの論文で参照されたRNA-seqデータから、shControlとshCaN Aαを各3サンプルずつ使います。解析ファイルではshCaN AαをshPPP3CAと表記しています。SalmonのscaledTPMを整数に丸めた表をRのDESeq2に入力しました。したがって、表示する数値は生のリード数ではありません。
比較はTreat（shCaN Aα）/ Control（shControl）、デザインはconditionのみです。DESeq2で正規化、分散推定、Wald検定、BH法によるp値の調整を行いました。19,705遺伝子の結果を読み込み、表示条件に合う全件をCSVに保存できます。図は表示範囲内の点を示しています。ブラウザーでは解析を再実行しません。解説ページの48遺伝子の人工データとは別です。
GSEAでは、同じ6サンプルの正規化カウントをもとに、17,155遺伝子をsignal-to-noiseで並べました。遺伝子セットはMSigDB 2024.1.HsのHallmarkとC6です。GSEApyで遺伝子セットを1,000回置換して評価しました。論文の図5C–Eと同じ3セットを表示します。NESとFDRはこの再解析の値で、論文掲載値とは異なります。曲線の各縦線は、順位表に存在するセット内遺伝子を示します。